As principais actividades do SAP são a realização de análises de peças cirúrgicas, biópsias histológicas, citologias aspirativas e esfoliativas (ginecológicas e outras), análises de patologia molecular e determinação do conteúdo em DNA em tumores sólidos e a percentagem de células em proliferação por Citometria de Fluxo.
O Serviço de Anatomia Patológica do Hospital presta serviços a todos os Hospitais e Sub-Regiões de Saúde da Região Alentejo (Beja, Évora e Portalegre), ao Hospital do Litoral Alentejano e instituições privadas, servindo toda a População do Alentejo, nas diferentes áreas de actuação da Anatomia Patológica com um serviço moderno, nomeadamente no apoio à Prevenção da Doença e Promoção da Saúde, e no mais correcto e complexo diagnóstico patológico, contribuindo para as estratégias terapêuticas mais adequadas, permitindo ganhos significativos na saúde e na qualidade de vida de todos os cidadãos desta Região.